В Санкт-Петербурге при отчуждении доли квартиры и переходе права пользования комнатой реестр прав регистрирует объект права - доли в квартире (например, 11/75 и т.д.).  В других регионах также встречаются и свидетельства/выписки на комнаты, т.е. комната в таком случае, как объект недвижимости, состоит на кадастровом учёте.


По Жилищному Кодексу и доли в квартире, и комнаты являются объектом права, т.е. реестр вправе указывать в выписках и тот и (или) другой объект права, но вопрос установления порядка пользования не однозначен. 
 
Поясню, в чем дело. При приобретении такого объекта права  как комната фактического права пользования устанавливать не нужно, поскольку комната -  это уже определенный в договоре и выписке
объект права. Если в договоре фигурирует только доля в квартире, то здесь возникает резонный вопрос о том, как юридически закрепляется право пользования именно конкретной комнатой? 
 
Практика и закон разошлись в этом вопросе. 
 
Практика: если в правоустанавливающем договоре собственника был указан порядок пользования, то
он переносится в следующий договор, и таким образом новый владелец приобретает право пользования комнатой.  
 
Закон: порядок пользования комнатами могут установить только все собственники объекта по соглашению между ними. Иными словами, если в квартире 5 комнат и собственник доли общей собственности, пользующийся определенной комнатой, ее продает, то для определения порядка пользования указания в договоре между продавцом и покупателем фразы, перенесенной из договора продавца: «в пользование покупателя переходит комната площадью XX метров», - не достаточно.
Необходимо заключать соглашение о порядке пользования между всеми собственниками общей собственности на объект, а в случае продажи одним из собственников доли ранее заключенное соглашение прекращает свое действие и его нужно перезаключать заново, поскольку одна из сторон соглашения выбывает в связи с отчуждением объекта.  Даже если продавец в судебном порядке
когда-то определил порядок пользования, то это отнюдь не гарантирует распространение старого решения в отношении продавца на вновь прибывшего покупателя доли (см. Определение Верховного Суда РФ от 21.10.2014 N 5-КГ14-109).
 
Т.е. с точки зрения закона при заключении договора отчуждения доли не важно, определен порядок
пользования в договоре продавца или нет. Получается, что в любом случае порядок пользования не определен в силу закона, если нет соглашения между участниками - собственниками объекта или собственниками и лицом, приобретающем долю (комнату). 
 
Описанная выше проблема требует пусть временного, но следующего решения.
Агенту, сопровождающему сделку с долями, можно озаботиться, если не о заключении соглашения о порядке пользования, что в большом объекте видится малореально, то хотя бы о получении
письменного заявления от собственников о том, что сложившийся порядок пользования комнатами такой-то и споров между собственниками о порядке пользования нет. В тексте договора отчуждения необходимо указать заверения продавца о том, что он фактически пользуется отчуждаемой комнатой, вследствие чего указанная комната и переходит в пользование приобретателя. Указанные условия в
договоре позволят доказать, что целью приобретения являлось именно право пользования конкретной комнатой продавца, и в случае спора это позволит взыскать убытки с последнего или, как минимум, мотивировать его решать возникший вопрос с собственниками сообща.